体现“过罚相当”原则
原修订草案规定，向水体排污超过排放标准或者总量控制指标的，责令限期治理，处10万元以上100万元以下罚款；限期治理期间应当限制生产、限制排放；逾期未完成治理任务的，责令关闭。
有些常委委员、环境与资源保护委员会和有些地方、部门及群众提出，10万元至100万元的超标排污罚款，不能充分体现“过罚相当”的原则，也难以较好地解决“违法成本低”的问题。对超标排污行为，应按超标排污的严重程度确定罚款数额，超标排污越严重，罚款数额应越大。法律委员会经同环境与资源保护委员会和国务院法制办、国家环保总局研究，建议对这一条作如下修改：一是，对超标排污的罚款数额，按照排污者应缴纳排污费的倍数确定。二是，对限期治理期间，通过限制生产、限制排放不能消除对环境的严重危害的，可以责令停产整治；逾期未完成治理任务的，由有关人民政府责令关闭。
有些常委委员和地方、部门及群众提出，解决环境污染“违法成本低”的问题，不能仅靠大幅度提高罚款数额，更应进一步完善环境污染损害的民事责任制度，让污染者对所造成的污染损害承担应负的民事赔偿责任，赔偿数额可能比罚款数额还大，更有利于促使排污单位重视污染防治，也有利于切实保护受害者的合法权益。
法律委员会经同环境与资源保护委员会和国务院法制办研究，建议在保留修订草案关于对因水污染造成的损害，排污者应依法承担排除危害、赔偿损失责任的规定基础上，对修订草案作以下补充：一是根据环境污染损害赔偿的特点，总结司法实践经验，参照固体废物污染环境防治法的规定，增加规定，对因水污染引起的损害赔偿诉讼，由加害人就法律规定的免责事由及其行为与损害结果之间不存在因果关系承担举证责任。二是依据民事诉讼法的有关规定和水污染损害赔偿诉讼的特点，增加规定：“因水污染危害受到损失的当事人人数众多的，可以依法由当事人推选代表人进行共同诉讼；环境保护主管部门和有关社会团体可以依法支持因水污染危害受到损失的当事人向人民法院提起诉讼。”“国家鼓励法律服务机构和律师为水污染损害诉讼中的受害人提供法律援助。”三是增加规定：“因水污染引起的损害赔偿责任和赔偿金额的纠纷，当事人可以委托环境监测机构提供监测数据。环境监测机构应当接受委托，如实提供有关监测数据。”
