《水域纳污能力计算规程》由水利部委托长江流域水资源保护局编制。该局水保处处长穆宏强博士表示：《水法》中明确规定，中国实行水功能区划和排污总量控制制度。近年来，随着各省相继批准了各自的水功能区划，中国已初步建立了以水功能区为单元进行监督管理的水资源保护制度。由于不同的水功能区有着不同的水质管理目标，因此必须对不同水域的纳污能力进行计算，从而实现对污染物的总量控制。由于此前中国并没有统一的水域纳污能力计算标准，因此各地区各部门计算的结果往往发生冲突。出台全国统一的水域纳污能力计算标准十分必要。此次颁布实施《水域纳污能力计算规程》，科学地提出了水域纳污能力计算的基本程序和方法，对“开发利用区和缓冲区”水域纳污能力主要采用数学模型计算法，对“保护区和保留区”水域纳污能力主要采用污染负荷计算法，为制定水功能区的限制排污总量提供了科学依据。规程不仅适用于中国的江河、湖泊、水库、运河、渠道等已划定水功能区的地表水域，未划水功能区的水域也可参照执行。